STAI Al Husain pernah mengalami perpindahan pengelolaan. Dimana STAI Al Husain pada awal berdirinya dibawah naungan Yayasan Al Husain, namun karena suatu hal Yayasan Al Husain menyerahkan pengelolaan STAI AI Husain kepada Yayasan Syubbanul Wathon. Bukti penyerahan ini dapat dilihat pada berita serah terima Lembaga STAI AI Husain pada hari Rabu tanggal 21 September 2005. Dengan demikian sejak tahun 2005 pengelolaan STAI Al Husain berada dibawah Yayasan Syubbanul Wathon.

Jika dilihat Surat Keputusan  Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/244/2003 adalah surat Izin Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis bukan izin dari STAI Al Husain. Hal ini menjadi kendala pada saat STAI AI Husain mengajukan akreditasi Prodi Manajemen Pendidikan Islam, karena yang diminta oleh BAN-PT adalah izin STAI AI Husain. Atas permasalahan tersebut maka, STAI AI Husain mengirimkan surat kepada Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam dengan nomor 028/STA-AH/A.01/1/2019 tanggal 11 Januari 2019 tentang Permohonan kejelasan SK Pendirian Perguruan Tinggi. Atas surat tersebut Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam memberikan jawaban dengan nomor surat 802/DJ.1/Dt.l.III/HM.01/02/2019 bahwa SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam nomor Dj.II/244/2003 tentang izin Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis Jurusan Ushuluddin Program Sarjana (S1) STAI Al Husain “merupakan Surat Keputusan Pendirian Perguruan Tinggi Swasta dan tertera pada lama Forlap PDDIKTI Kemenristek dan dinyatakan berlaku”. Dengan demikian Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.I1/244/2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis Jurusan Ushuludin Program Sarjana (S1) STAI AI Husain juga merupakan surat izin pendirian STAI AI Husain.